L'affaire a débuté en 2008, avec la mise en cause d'une pharmacienne de Remoulins (Gard) et de son époux pour travail dissimulé. Ils ont reconnu par la suite avoir utilisé leur logiciel de gestion afin d'effacer des comptes près de 8.000 euros de transactions par mois, en laissant entendre que la pratique serait assez répandue dans la profession.
Le juge d'instruction nîmois avait mis en examen Alliadis fin 2010 pour complicité de fraude fiscale et à la TVA, lui reprochant d'avoir aidé ou assisté "sciemment" le couple en "leur fournissant un logiciel informatique (Alliance+) ainsi qu'un mot de passe facilitant la dissimulation d'écritures dans la comptabilité et les détournements d'espèces".
L'administration fiscale reprochait au logiciel d'intégrer une fonctionnalité permettant, après saisie d’un mot de passe personnel, de faire disparaître des lignes d’écritures relatives à des ventes payées en espèces, à la condition qu’elles ne soient pas liées à une prescription médicale ou au paiement d’un tiers, avant qu’elles ne soient arrêtées d’un point de vue comptable.
Il était ensuite possible, par la saisie d'une ligne de commande externe au logiciel, de détruire les traces de ces ...
