Le processus avait débuté en septembre 2016 avec le changement de protocole d'échange au profit du PES V2 entre le CHU et la trésorerie, avant de se poursuivre un an plus tard par le déploiement du parapheur électronique permettant de dématérialiser la signature des recettes. La démarche s'est poursuivie sur l'ensemble des pièces jointes justificatives des dépenses et recettes, avec notamment la signature des bordereaux de dépenses.
L'ultime étape de dématérialisation de l'ensemble des pièces justificatives de paie a pu être conduite en novembre et décembre 2018 grâce à une nouvelle version du progiciel métier AGIRH, en lien avec le SIB et le Mipih, permettant au CHU de respecter la loi NOTRé (nouvelle organisation territoriale de la République). Cette dernière prévoyait la suppression totale des échanges papier entre les établissements publics hospitaliers dont les recettes dépassent 20 millions d'euros et la DRFP au 1er janvier 2019.
Cette démarche, qui a impliqué plus de 90 personnes dans 10 directions fonctionnelles du CHU, a permis de refondre les processus de gestion et de moderniser les pratiques. En outre, une brique fonctionnelle d'intégration nommée IDF, de même que le rapprochement automatique des factures, sont venus parfaire le dispositif en simplifiant et en automatisant une partie du traitement des factures adressée électroniquement par les fournisseurs sur le portail Chorus Pro.
Parallèlement, la dématérialisation de l'achat public est bien engagée: la majorité des étapes du processus achat sont dématérialisées. Côté recettes, le CHU, qui adresse toujours des pièces papier à ses débiteurs, utilisera un flux dématérialisé avant fin 2019. L'établissement souhaite aussi dématérialiser les bulletins de paie de ses agents d'ici 2020.
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